El Delta del Paraná está delimitado naturalmente por las barrancas que definen el valle del Río Paraná. Como límite norte se considera la línea imaginaria que une las ciudades de Diamante (en Entre Ríos) y de Puerto Gaboto (en Santa Fe). En la Provincia de Entre Ríos ocupa la porción suroeste de los Departamentos Diamante y Victoria, la porción sur del Departamento Gualeguay y la totalidad del Departamento Islas del Ibicuy y en la Provincia de Buenos Aires ocupa la porción noreste de los Partidos de San Pedro, Baradero, Zárate, Campana, Escobar y Tigre, y la totalidad del Partido de San Fernando.

La carga de sedimentos en suspensión sorprende por su magnitud: 200 millones de toneladas por año, cuya mitad es aportada por el Río Bermejo. Debido a esto se produce el "avance" del Delta, que se calcula entre 70 a 90 m. por año.

Tiene una particularidad de nivel mundial: es el único Delta que no está en contacto con el mar, ya que los sedimentos son depositados sobre el Río de la Plata; las aguas se vuelcan al Río de la Plata por medio de catorce bocas, entre las que se destacan, de norte a sur: Río Paranacito, Arroyo Martínez, Arroyo de La Tinta, Arroyo Brazo Largo, Río Gutiérrez, Río Paraná Bravo, Río Sauce, Río Paraná Guazú, Río Barca Grande, Río Paraná Miní, Río Paraná de las Palmas y Río Luján.

El Delta del Paraná, desde Diamante hasta su desembocadura se divide en tres grandes regiones:

Estas regiones tienen diferencias basadas en su historia y su evolución geológica lo que se refleja en el tipo de vegetación que tiene cada una.

Las islas del Delta Inferior son las más altas, con forma de "plato hondo": márgenes elevados cubiertos de bosques y con un interior bajo y pantanoso, ocupado mayormente por el pajonal.

En el Delta Medio y Superior, las islas son más planas y está surcadas por madrejones, lagunas, albardones y médanos fijos, paralelos a los cursos de agua.

El clima es cálido y húmedo y las precipitaciones varían entre 1600 y 2000 mm. distribuidas en todo el año.
Las plantas predominantes en el Delta son las acuáticas y palustres. Las comunidades vegetales se inician en bancos y orillas, donde las aguas cargadas de sedimentos poseen poca corriente. Es suficiente cualquier obstáculo (un barco hundido, troncos y camalotales varados, etc.) para que el proceso empiece. Allí comienzan a colonizar las especies "pioneras" como el Junco. Con sus rizomas y raíces, junto a la acumulación de materia vegetal, va contribuyendo paulatinamente a la elevación del terreno, que dará origen a una isla. El sector más alto de las islas, el albardón, está ocupado por bosques húmedos.
En el Delta Superior y Medio, sobre islas de gran superficie y antiguas, encontramos Sauce Criollo, Aliso de Río, Curupí, Laurel, Timbó Blanco y Ceibo. Es un bosque formado por árboles de madera blanda y de rápido crecimiento.
En el Delta Inferior, se desarrolla una verdadera selva, denominada "Monte Blanco", de baja altura, que alberga una gran diversidad de especies, tales como: Laurel, Ingá, Higuerón, Canelón, Anacahuita, Mataojo, Espina de Bañado, etc. Las Palmeras Pindó le han dado el nombre al Paraná de las Palmas. Hacia el interior de las islas se forman comunidades vegetales como el Cardazal, formado por Cardas y Serruchetas, los matorrales de Chilca y Acacia Mansa, y por último, en el centro de los sectores bajos e inundables están los Pajonales.
La vegetación acuática cubre las orillas de los riachos y arroyos y presenta una gran cantidad de especies. Camalotes, Carrizos, Canutillos, Espadañas, Totoras, Pajas Bravas. Los camalotes transportan a especies que enriquecen y renuevan la vida silvestre del Delta y también contribuyen a disminuir la velocidad de las corrientes, favoreciendo la formación de las islas del Delta.

La flora introducida ha ido desplazando a la flora nativa: árboles como la Ligustrina, el Arce, la Mora y varias especies de enredaderas como la Madreselva y la Zarzamora, ocupan los albardones, así como las zonas inundables son invadidas por el Lirio Amarillo y la Vara de Ámbar.
La fauna del Delta también está conformada por especies provenientes de diversos biomas. Su estratégica ubicación geográfica lo convierte en receptor de todas las especies animales que se dispersan a través de los ríos Paraná y Uruguay.

Las aves se distribuyen desde Misiones hasta las márgenes del Río de la Plata. Los mamíferos, anfibios y reptiles tienen un excelente medio de transporte natural en los camalotes.
Cuando se producen las grandes inundaciones del Río Paraná camalotales de distintos tamaños avanzan con infinidad de insectos, ranas, sapos, culebras, víboras venenosas, Yacarés, Carpinchos, Monos Aulladores, y en los camalotales de gran tamaño, hasta Yaguaretés. Gracias a esta característica, el Delta constituye el punto más austral de dispersión de numerosas especies animales de origen subtropical.
Entre los vertebrados, el grupo de los Peces es uno de los más variados en el Delta, habiéndose detectado para la región unas 223 especies. Entre ellas figura el Sábalo, que forma enormes cardúmenes, el Dorado, el Pacú, los Surubíes, bagres de diversos tipos, anguilas, tarariras, etc.
Hay gran variedad de sapos y ranas, algunas exclusivas del Delta, así como culebras y tortugas.

Entre las aves acuáticas en lagunas y bañados encontramos Patos, Garzas, Gallaretas, Chajaes, Burritos que se ocultan entre la densa vegetación, etc. Una curiosa ave rapaz, el Caracolero, posee un pico ganchudo que usa como instrumento para sacar a los caracoles de sus valvas.
Los arroyos y riachos son el hábitat ideal para especies pescadoras como el Biguá Común, el Biguá Víbora y los Martines Pescadores.
También los mamíferos más comunes son de hábitos acuáticos, como el Carpincho y el Coipo.
El mayor ciervo autóctono sudamericano es el Ciervo de los Pantanos, que tiene en el Delta una de sus poblaciones más importantes de Argentina. Está adaptado a los ambientes anegadizos, refugiándose en los pajonales del centro de las islas.

Todavía son fáciles de encontrar los marsupiales tales como la Comadreja Overa y la Comadreja colorada.
El mayor carnívoro del Delta, el Yaguareté o Tigre, era habitual de la zona hasta entrado el siglo XX, pero sufrió una gran persecución por su cuero y por el temor que producía su presencia. Se calcula que la desaparición definitiva fue entre los años 1920-1930.
De él sólo queda el nombre: ciudad y partido de Tigre, Arroyos Los Tigres y Los Tigrecitos, etc.

El Delta del Paraná tiene gran valor como sitio arqueológico. Los primitivos habitantes del Delta se podrían definir en tres grupos: dos de ellos muy próximos entre sí, los Chanáes y Mbeguáes, y los Guaraníes.