En 1883 junto a un grupo de amigos apasionados como él
por las carreras de caballos, entre los que se contaba
Miguel Cané, fundó el Jockey Club. Según
Pellegrini, el Jockey debía ser además un
centro cultural y social que contribuyera a refinar los
modales y los gustos de la clase dirigente.
Al concluir su mandato en 1886, Roca apoyará la
candidatura presidencial de su concuñado, el cordobés
Miguel Juárez Celman. Pellegrini integrará
el segundo término de la fórmula que obtendrá
el triunfo.
Pellegrini, como la mayoría de los vicepresidentes
argentinos, mantuvo un perfil bajo. Durante este período
realizó varios viajes a Europa y los Estados Unidos.
Pero los descalabros del gobierno de Celman, que provocaron
la grave crisis económica de 1890 y las justificadas
acusaciones de corrupción y mal desempeño
convocaron a Pellegrini a un primer plano.
El 26 de julio de ese año estalló en Buenos
Aires una revolución dirigida por un amplio frente
opositor que bajo el nombre de Unión Cívica,
venía manifestándose contra la política
juarista. Los revolucionarios dirigidos por Leandro Alem
fueron derrotados pero Celman debió renunciar.
En una carta a su hermano le decía Pellegrini: "Me dirán ¿qué hay
que hacer entonces? Pero, lo que hace el agricultor que
pierde su cosecha: aguantar; se aprieta la barriga y economiza
todo lo que puede, mientras vuelve a sembrar. Proteger
la industria por todos los medios; ¡y dejarse de
Bolsa y Tesoros y bimetalismo y música celestial.!"
Todos las miradas se dirigen al vicepresidente. Pellegrini
pone como condición para asumir la presidencia
que un grupo de banqueros, estancieros y comerciantes
argentinos suscriban un empréstito de 15 millones
de pesos para hacer frente a los vencimientos externos.
Reunido este capital el nuevo presidente inaugura su gestión
aplicando medidas de austeridad, nacionalizando las obras
sanitarias privatizadas por Celman, creando la caja de
conversión para dar confianza a los inversores
y el Banco de la Nación Argentina.
Durante sus dos años de gobierno demostró
sus condiciones políticas. Pudo sacar al país
de la crisis y permitió la realización de
elecciones libres en la Capital lo que posibilitó
la elección como senadores de Aristóbulo
del Valle y Leandro N. Alem.
Culminó su mandato el 12 de octubre de 1892 transmitiéndole
el mando al Dr. Luis Sáenz Peña y se retiró
momentáneamente de la vida política hasta
ser electo nuevamente senador en 1895.
En 1901 se produjo la ruptura entre Pellegrini el general
Roca que ocupaba por segunda vez la presidencia. Roca
envió al Congreso un proyecto de unificación
de la deuda externa a través de un empréstito
externo de reducido interés y a largo plazo cuyo
servicio se garantizaba con las rentas aduaneras. Pellegrini
lo defendió en el parlamento y logró su
media sanción. Pero tras una serie de artículos
periodísticos y manifestaciones opositoras, Roca
retiró el proyecto sin consultar a Pellegrini.
Esto enojó notablemente a Pellegrini y lo alejó
definitivamente de la política roquista con la
que mantenía profundas diferencias políticas
por la permanente negativa del conquistador del desierto
a siquiera discutir la posibilidad de una nueva ley electoral
que ponga fin al fraude. Pellegrini era uno de los miembros
de la elite que comienzan a considerar que la prosperidad
alcanzada puede peligrar de no atenderse los reclamos
de la oposición y se muestran dispuestos a considerar
la introducción de reformas graduales en el sistema
electoral con el fin de evitar conflictos sociales.
En 1906 fue electo diputado pero al poco tiempo cayó
gravemente enfermo y tras un mes de lenta agonía
falleció el 17 de julio de ese año.
Dijo en uno de sus últimos discursos: "Nuestra
historia política de los últimos quince
años es la historia política sudamericana:
círculos que dominan y círculos que se rebelan;
opresiones y revoluciones, abusos y anarquía. Pasan
los años, cambian los actores, pero el drama o
la tragedia es siempre la misma; nada se corrige y nada
se olvida y las bonanzas halagadoras, como las conmociones
destructoras se suceden a intervalos regulares cual si
obedecieran a leyes naturales. Los unos proclaman que
mientras haya gobiernos personales y opresores, ha de
haber revoluciones; y los otros contestan que mientras
haya revoluciones, han de existir gobiernos de fuerza
y de represión. Todos están en la verdad,
o, más bien todos están en el error."